私は御朱印を集めるのが趣味です。
お寺と神社の御朱印の違いはありますか

こんにちは
高齢者向け相談所の相談員です。

日本の宗教歴史から見ると「神仏習合（しんぶつしゅうごう）」があり、日本に元来伝わる神様の信仰と外国から伝わった仏教の信仰がひとつになった宗教の考えになります。
同じ敷地内に神社とお寺が一緒にありましたが、明治時代になると「神仏分離令」が出され、神社とお寺が分けられたそうです。今でも神社の近くにはお寺があったり、その逆も然り。

神社と寺院の御朱印に明確な違いはないそうです。
ただ、比較的神社の御朱印は寺院に比べて押印の数が少なかったり、神社の御朱印には御詠歌（ゴエイカ）の御朱印がありません。御詠歌とは仏教の教えを「五、七、五、七、七」の和歌にして伝えられたものです。寺院では「三宝印」や「御宝印」、寺院共通の朱印が押印されることがあります。
「三宝印」とは仏教の教えを形にした「印」で、「仏法僧宝」が彫られた御朱印。
「護宝印」とは経典の梵字（ぼんじ）が彫られた「印」になります。

余談になりますが人の生は、人の死と真逆になると言われており、この世が朝であれば、あの世は夜。生の祝いと魂の供養。

あかちゃんには産湯（うぶゆ）、産着を着せて命名し、誕生に際し行うお七夜があります。
亡くなった人には湯灌（ゆかん）、死装束を着せて、あの世の名前である戒名を付け、亡くなった方の為に行われる儀式、初七日があります。

お宮参りは四十九日
お食い初めは百か日法要
初誕生日は一周忌。

子供は一般的に7歳くらいまでは病気にかかりやすく、健康と長寿、幸福を祈願する七五三。
亡くなった人には三周忌、七周忌、十三周忌供養等あり、7周忌くらいまでは魂は不安定な状態なため、しっかり供養を行わなければならない、と言われております。

成人式や結婚式にあたるのが三十三周忌で、ここで魂は大人になったとみなされ、「弔い上げ」されます。
仏壇で魂を供養し、弔い上げがくると魂は神になると言われております。
供養とは魂を神に育て上げることを意味し、残された子孫の務めになり、弔い上げ後には魂は子孫を守ってくれる神になると言われております。
家庭に仏壇と神棚が一緒に祭られていることがありますが、こういった理由によるものと言われております。そのことを考えると、子供の成長祝いや祈願は、故人様に対しての供養（魂の成長）も大事ということになりますね。

話が飛んでしまい申し訳ございません。こちらの質問ページにはお坊さんが多く登録されているので、御朱印に関しても詳しくお聞きしたいですね。